军用潜艇有几种分类方法:按潜艇的大小；按使命和按潜艇艇体结构分类。这里介绍军用潜艇按使命分类法的类别。1.攻击型潜艇；2.巡航导弹潜艇；3.弹道导弹潜艇。
按潜艇大小
大型（排水量在2000顿以上），中型（排水量600-2000顿）和袖珍（排水量100顿以下）潜艇。
按使命类型
则可分为攻击型潜艇，巡航导弹潜艇和弹道导弹潜艇。
攻击型潜艇
攻击型潜艇
自从海龟号尝试攻击敌舰之后，潜艇就一直被视为海下攻击的利器。攻击型潜艇是区别战略型潜艇而言。这种潜艇主要以攻击敌方船只，潜艇等海上及海下目标为主要任务。通常很少具备，或仅仅拥有很少对陆，对空攻击能力。这些潜艇主要的武装从早期的“凿船钻”，”触爆炸药“逐渐发展，直到一战前，鱼雷，水雷以及甲板炮成为潜艇的标准配备武器。随着二战后期德国U-潜艇的高速发展，甲板炮自U-XXI型潜艇后退出历史舞台。
随着二战结束和冷战“铁幕”落下，攻击型潜艇以其相对廉价，稳定性强及其攻击性成了美苏双方侦察情报，探寻，追踪敌方的潜艇（弹道导弹潜艇）的重要武器。尤其潜艇有了核动力后，攻击型潜艇进入了一个新纪元。鹦鹉螺号下水服役后的演习，让当时所有反潜专家都惊叹其性能好。二战时期的大多反潜方式都无法对抗鹦鹉螺号。此后，美国宣布不再建造任何常规动力潜艇。苏联潜艇的安定度比美国的有一定差距。但全世界普遍认为，美国建造的海狼级潜艇和苏联建造的阿库拉-猎豹级核潜艇都代表了当前单壳体攻击型潜艇和双壳体攻击型潜艇的最高水平。
巡航导弹潜艇
随着潜艇的发展，另一种武器—导弹成为潜艇发展的另一方向。V-II导弹成为德国人理想潜艇的利器。二战后期，德国人曾开始研究将潜艇安装上导弹，这个项目的资料，后来也成为美国人的战利品。1964年2月，美国在SS-348鳕鱼号上安装“天狮星”巡航导弹，进行了发射试验，并取得成功。然而，随着美国在20世纪60年代末期至70年代这一时期潜艇导弹的迅猛发展，潜艇巡航导弹研制随之放弃。
另一方面，苏联则在巡航导弹潜艇的发展下了很大功夫；原因是，二战后美国急速发展航母群，苏联则没有足够能力发展，而用反航母编队群，携带反舰导弹的轰炸机和携带反舰导弹的潜艇作为理想的武器。1956年，苏联海军将一艘W级潜艇改装携带SS-N-3C型导弹，并成功进行了发射试验。随后，苏联开始研制第一级巡航导弹潜艇E级核潜艇。此后，苏联发展了一系列巡航导弹潜艇，到了奥斯卡级核潜艇。苏联的巡航导弹潜艇已经发展到了一个相当的高度。
随着冷战的结束，大规模核对峙结束以及战争局部化的趋势使美国也认识到巡航导弹潜艇的重要性。2002年9月，美国开始为四嫂俄亥俄级核潜艇改装为巡航导弹发射和特种部队投放艇。随后发展的维基尼亚级攻击型核潜艇也安装了12个巡航导弹发射筒。
弹道导弹潜艇
弹道导弹潜艇是冷战“相互保证毁灭”的重要工具。旨在当我方遭受到敌方毁灭性核打击，陆基弹道导弹和空基战略轰炸机等核武器投射力量已经被毁灭之后，弹道导弹潜艇作为隐蔽的核攻击力量给敌方毁灭性打击。这被称为“第二次核打击”。
自从二战时德国试验潜艇发射V型导弹的试验情况落入盟军和苏军手中后。双方在战后都积极于潜艇发射导弹的实验。美苏经过了早期巡航导弹的试验之后，双方都开始了潜艇发射弹道导弹研究。尤其是美国，由于1964年至20世纪70年代，美国潜射弹道导弹技术突飞猛进，将潜艇发射的导弹主要转为弹道导弹方面。放弃了巡航导弹。而在1959年，美国第一个弹道导弹核潜艇华盛顿号投入服役，安装的是射程为2200千米的北极星导弹。而相比之下，苏联在弹道导弹潜艇技术在很长的一段时间都落后于美国。苏联的第一嫂弹道导弹潜艇（G）级虽然在1957年下水服役，比华盛顿号早，但其动力则为柴电动力，而且其装载的P-11FM导弹程仅为150千米，改装后也只有560千米。20世纪70年代后，双方弹道导弹潜艇数目和力量都突飞猛进，其它国家则相形见拙。英国的弹道导弹潜艇主要基于北极星系统和三叉戟系统发展而来，与美国潜艇有很大的共通性。法国的可畏级于1971年服役，1958年，法国又自行研制出的胜利级开始服役。法国以六嫂弹道导弹为基数，英国则为4-5嫂。中国自行研制092型潜艇于1981年下水，使用巨浪-1型导弹系统。2007年，中国政府公开了新研制的093型核潜艇，而非官方管道也公布了一些094型核潜艇消息。该潜艇使用巨浪-2型导弹。
按船体结构分类
有双壳潜艇和单壳潜艇。若按潜艇动力分类，则可分为柴电潜艇和核潜艇。
